Структура Секретариата соответствует концепции, миссии и целям Стратегического плана Секретариата АНТКОМ Стратегический план Секретариата АНТКОМ на 2023–2026 гг. . В Секретариате работает 26 сотрудников в 5 отделах:
Сотрудники Секретариата принимаются на работу в соответствии с условиями, установленными в Положении о штате (Положение o Штате ).