Наука служит фундаментом АНТКОМ. Собственно Конвенция была создана в ответ на озабоченность ученных относительно того, что появление интереса к крупномасштабной эксплуатации антарктического криля может иметь серьезные экосистемные последствия, судя по результатам чрезмерного промысла рыбы в субантарктическом регионе в конце 1960-х и средине 1970-х годов.

В 1975 г. Консультативные стороны Договора об Антарктике (КСДА) отметили необходимость сосредоточить внимание на научных исследованиях как на важнейшей основе охраны и рационального использования морских живых ресурсов Антарктики. В ответ на просьбу КСДА Научный комитет по антарктическим исследованиям (СКАР) в 1977 г. провел программу БИОМАСС (Биологические исследования морских систем и запасов Антарктики), чтобы "‘добиться более глубокого понимания функционирования структуры и динамики морской экосистемы Антарктики в качестве основы для будущего управления потенциальными живыми ресурсами". Научные результаты программы БИОМАСС заложили основу для ведущей роли науки в Конвенции АНТКОМ и ее использования Комиссией в ходе достижения своих целей.

Основной путь поступления научных рекомендаций в АНТКОМ – через Научный комитет и его вспомогательные группы. Конвенция требует, чтобы Комиссия “полностью учитывала рекомендации и мнение Научного комитета“, и этот упор на науку был вновь подтвержден в 2009 г. в резолюции об использовании наилучших имеющихся научных знаний (Резолюция 31/XXVIII).