После вступления в силу Конвенции АНТКОМ был создан Научный комитет (НК-АНТКОМ), и все члены Комиссии также являются членами Научного комитета.

Научный комитет предоставляет Комиссии наилучшую имеющуюся научную информацию по уровням вылова и другим вопросам управления. В свою очередь Комиссия в соответствии с Конвенцией обязана при принятии своих решений полностью учитывать мнение и рекомендации Научного комитета.

Научный комитет принимает во внимание результаты исследований, полученные в рамках национальных программ членов АНТКОМ. Кроме того, АНТКОМ создал ряд программ для сбора данных, необходимых для эффективного управления в Южном океане, которые включают:

• мониторинг промыслов
• научных наблюдателей на промысловых судах
• программы по вопросам экосистемного мониторинга и морских отбросов.

Ежегодные совещания Научного комитета проводятся непосредственно перед совещанием Комиссии. В целях рассмотрения широкого круга научных вопросов, которые могут отразиться на решениях Комиссии, Научный комитет создал ряд рабочих групп, которые собираются в течение года и содействуют разработке научных рекомендаций в ключевых областях.

В настоящее время созданы пять рабочих групп:

• Рабочая группа по экосистемному мониторингу и управлению (WG-EMM)
• Рабочая группа по оценке рыбных запасов (WG-FSA)
• Рабочая группа по статистике, оценкам и моделированию (WG-SAM)
• Рабочая группа по побочной смертности, связанной с промыслом (WG-IMAF)
• Рабочая группа по методам акустики, съемки и анализа (WG-ASAM)

Совещания WG-EMM, WG-FSA и WG-SAM обычно проводятся ежегодно, тогда как WG-ASAM и WG-IMAF созываются по просьбе Научного комитета. Все группы представляют результаты своей работы непосредственно в Научный комитет.

Председатель Научного комитета выбирается странами-членами на срок продолжительностью в два совещания и может быть переизбран еще только на один срок. В настоящее время Председателем является д-р Сезар Карденас (Чили).